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      當(dāng)前位置: 首頁出版圖書科學(xué)技術(shù)自然科學(xué)生物科學(xué)生物學(xué)家必備大數(shù)據(jù)實用計算技巧

      生物學(xué)家必備大數(shù)據(jù)實用計算技巧

      生物學(xué)家必備大數(shù)據(jù)實用計算技巧

      定 價:¥198.00

      作 者: [美] S. H. D. 哈多克,[美] C. W. 鄧恩 著,陳士超 等 譯
      出版社: 科學(xué)出版社
      叢編項: 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析叢書
      標(biāo) 簽: 暫缺

      ISBN: 9787030644909 出版時間: 2020-04-01 包裝: 平裝
      開本: 16開 頁數(shù): 448 字?jǐn)?shù):  

      內(nèi)容簡介

        面對生物數(shù)據(jù)的急速增長,對大數(shù)據(jù)的分析處理能力是生物學(xué)家普遍缺乏又急需掌握的能力?!渡飳W(xué)家必備大數(shù)據(jù)實用計算技巧》是在作者開發(fā)計算工具和幫助許多生物學(xué)家解決計算問題時總結(jié)經(jīng)驗的基礎(chǔ)上誕生的,是針對生物學(xué)家撰寫的簡明實用教程,它將一系列強大而靈活的實用工具匯集到一起,容易學(xué)習(xí)入門?!渡飳W(xué)家必備大數(shù)據(jù)實用計算技巧》內(nèi)容以分子生物信息學(xué)數(shù)據(jù)為主,但也適用于多種其他生物數(shù)據(jù)的分析工作。《生物學(xué)家必備大數(shù)據(jù)實用計算技巧》原版問世至今,一直是歐美高校生物專業(yè)和相關(guān)研究機構(gòu)必備的熱銷圖書。

      作者簡介

      暫缺《生物學(xué)家必備大數(shù)據(jù)實用計算技巧》作者簡介

      圖書目錄

      目錄
      在開始之前 1
      引言 1
      為什么要寫這本書? 1
      為什么只針對生物學(xué)家? 2
      需要使用特定計算機或程序嗎? 2
      寫給使用這本書自學(xué)的讀者 3
      寫給使用這本書的教師 3
      超越這本書 4
      如何使用好這本書 4
      第一部分 文本文件
      第1章 開始設(shè)置 9
      關(guān)于文本文件的操作介紹 9
      什么是文本文件 9
      在一個文本文件內(nèi)組織數(shù)據(jù) 10
      文本編輯器 11
      安裝TextWrangler 11
      在文本編輯器里優(yōu)化文本外觀 12
      行尾結(jié)束符 13
      示例文件 13
      安裝示例文件 14
      探索示例文件 14
      總結(jié) 15
      第2章 正則表達(dá)式:強大的搜索和替換 16
      一種用于搜索和替換的廣泛語言 16
      了解這個新工具箱的組件 17
      設(shè)置文本編輯器 17
      你的第一個通配符:\\w 代替字母和數(shù)字 19
      用()來捕獲文本 20
      量詞:用+來對應(yīng)一個或多個實體 21
      用\\進行標(biāo)點符號字符轉(zhuǎn)義 23
      更為特殊的搜索項:\\s \\t \\r.\\d 24
      示例:分子數(shù)據(jù)文件的重新格式化 25
      關(guān)于生成正則表達(dá)式的評論 26
      總結(jié) 27
      第3章 探索正則表達(dá)式的靈活性 28
      字符集:定義你自己的通配符 28
      用[]定義定制的字符集 28
      應(yīng)用自定義字符集 28
      否定字符集:用[^]定義自定義字符集 30
      邊界:^開頭和$結(jié)尾 31
      使量詞更加精密 32
      另一個量詞:*為零次或多次 32
      用?修改貪婪程度 33
      用{}符號控制匹配的數(shù)量 33
      把所有都放在一起 34
      生成替換關(guān)鍵詞 35
      構(gòu)建可靠的搜索 36
      總結(jié) 37
      進一步學(xué)習(xí) 38
      第二部分 Shell命令
      第4章 命令行操作:shell 41
      初次接觸:不要懼怕命令行 41
      開始了解shell然后產(chǎn)生興趣 42
      開始了解shell 42
      文件系統(tǒng)的命令行視圖 43
      路徑 44
      利用shell在計算機里遨游 45
      用ls列出文件,用pwd找出你在哪里 45
      如何用cd來回移動位置 47
      用~表示主目錄 48
      用mkdir和rmdir來添加和移除文件夾 49
      復(fù)制文件 49
      移動文件 51
      命令行快捷鍵 51
      向上箭頭鍵 51
      Tab 52
      用命令行參數(shù)來修正命令的行為 53
      用less命令瀏覽文件內(nèi)容 54
      在命令行中使用man命令查看幫助文件 55
      命令行最終會使你的操作更容易 55
      路徑描述中的通配符 55
      復(fù)制和移動多個文件 56
      結(jié)束你的終端會話 57
      總結(jié) 57
      推薦閱讀 58
      第5章 在shell中處理文本 59
      用nano在命令行里編輯文本文件 59
      控制shell里的數(shù)據(jù)流 61
      用>重定向輸出到一個文件 61
      用cat來顯示和連接文件 62
      用grep在命令行中使用正則表達(dá)式 64
      處理一個大數(shù)據(jù)集 64
      從文件中抽提特定的行 64
      用管道|將輸出從一個程序重定向到另一個程序 66
      用grep跨越搜索多個文件 67
      改善grep的行為 68
      用curl獲取Web上的內(nèi)容 69
      其他shell命令 71
      總結(jié) 72
      第6章 使用shell編寫腳本 73
      組合命令 73
      搜索路徑 73
      命令行如何找到它應(yīng)執(zhí)行的命令 73
      創(chuàng)建你的工作區(qū)—腳本文件夾 75
      編輯你的.bash_profile文件來進行個性化設(shè)置 76
      檢查你的新$PATH 77
      把文本文檔型文件轉(zhuǎn)變?yōu)檐浖?78
      #!控制腳本文本用何種程序解釋 79
      通過調(diào)整權(quán)限使文本文件可以被執(zhí)行 79
      生成自動腳本 81
      批量復(fù)制文件 81
      靈活的文件重命名 84
      運用curl自動檢索參考文獻(xiàn) 86
      用curl編寫腳本的幾個常用方法 88
      用Alias創(chuàng)建快捷別名 88
      總結(jié) 89
      進一步學(xué)習(xí) 89
      第三部分 編程
      第7章 編程組件 93
      程序是什么? 93
      接下來幾章的目標(biāo) 93
      實際編程 94
      變量 95
      變量的剖析 95
      基本變量類型 96
      能夠容納其他變量的變量 97
      數(shù)組和列表 97
      不同類型之間的轉(zhuǎn)換 99
      運行中的變量 99
      數(shù)學(xué)運算符 99
      比較運算符與邏輯運算符 100
      函數(shù) 101
      流控制 102
      用if語句做決策 102
      由for與while構(gòu)成的循環(huán) 103
      使用列表和字典 104
      列表 104
      字典 105
      其他數(shù)據(jù)類型 105
      輸入和輸出 106
      用戶交互 106
      文件 106
      庫和模塊 107
      注釋語句 108
      對象 108
      總結(jié) 109
      第8章 開始使用Python編程 110
      為什么選擇Python 110
      編寫程序 111
      開始運行程序 111
      構(gòu)建dnacalc.py程序 112
      簡單的print語句 112
      len()函數(shù) 114
      使用str()、int()和float()轉(zhuǎn)換變量類型 115
      內(nèi)置字符串函數(shù).count() 116
      整數(shù)和浮點數(shù)的數(shù)學(xué)運算 116
      使用#添加評論 118
      使用%運算符控制字符串格式 118
      獲取用戶輸入 120
      使用raw_input()收集用戶輸入 120
      用.replace()和.upper()整理變量 121
      回顧你的程序 123
      總結(jié) 123
      第9章 決策與循環(huán) 124
      Python交互式提示符 124
      獲取Python的幫助 126
      向dnacalc.py里添加更多的計算內(nèi)容 127
      if 條件語句 127
      使用縮進指定代碼塊 128
      邏輯運算符 128
      if 語句 129
      else:語句 130
      for循環(huán)介紹 132
      列表簡介 132
      在proteincalc.py中寫入for循環(huán) 133
      創(chuàng)建字典 133
      其他字典函數(shù) 139
      應(yīng)用你學(xué)會的循環(huán)技能 140
      回顧列表 140
      列表的索引 141
      從列表中解包多個值 143
      用range()函數(shù)定義一個列表 143
      列表和字符串的比較 145
      列表和字符串之間轉(zhuǎn)換 146
      向列表中添加元素 147
      從列表中刪除元素 148
      查找列表的內(nèi)容 148
      給列表排序 148
      識別列表及字符串中獨有的元素 149
      列表推導(dǎo)式 150
      總結(jié) 152
      進一步學(xué)習(xí) 153
      第10章 讀取與寫入文件 154
      目標(biāo)概述 154
      從文件中逐條讀取每一行內(nèi)容 156
      讀取數(shù)據(jù)文件之前的注意事項 156
      打開并讀取文本文件 157
      用.strip()刪除行尾字符 159
      跳過標(biāo)題行 159
      從行中解析數(shù)據(jù) 160
      將行拆分為數(shù)據(jù)字段 160
      從列表中選擇元素 161
      寫入文件 162
      扼要重述文件的基本讀寫過程 164
      使用正則表達(dá)式解析值 165
      導(dǎo)入re模塊 165
      通過re模塊使用正則表達(dá)式 165
      re.search()與re.sub()的使用總結(jié) 167
      使用def創(chuàng)建自定義Python函數(shù) 168
      用新格式打包數(shù)據(jù) 173
      檢查標(biāo)記語言 173
      在轉(zhuǎn)換期間保留信息 174
      轉(zhuǎn)換為KML格式 174
      KML文件格式 174
      生成KML 文本 175
      總結(jié) 179
      進一步學(xué)習(xí) 179
      第11章 合并文件 180
      從多個文件中讀取數(shù)據(jù) 180
      使用sys.argv獲取用戶的輸入內(nèi)容 181
      將所有參數(shù)轉(zhuǎn)換為文件列表 183
      使用sys.stderr.write()提供反饋 184
      循環(huán)遍歷文件列表 185
      打印輸出并生成標(biāo)題行 187
      避免硬編碼軟件 187
      文件讀取的其他應(yīng)用 190
      總結(jié) 192
      進一步學(xué)習(xí) 192
      第12章 模塊與庫 194
      導(dǎo)入模塊 194
      更多來自標(biāo)準(zhǔn)庫的內(nèi)置模塊 196
      urllib模塊 196
      os模塊 197
      math模塊 197
      random模塊 198
      time模塊 199
      第三方模塊 200
      NumPy 201
      Biopython 202
      其他第三方模塊 203
      制作自己的模塊 204
      繼續(xù)深入學(xué)習(xí)Python 205
      總結(jié) 206
      進一步學(xué)習(xí) 206
      第13章 調(diào)試策略 207
      在調(diào)試中學(xué)習(xí) 207
      通用策略 208
      建立工作元素 208
      思考你的假設(shè) 208
      具體的調(diào)試技術(shù) 209
      隔離問題 209
      編寫冗長的軟件 210
      錯誤信息及其含義 211
      常見的Python錯誤 211
      shell錯誤 212
      讓你的程序更有效率 212
      優(yōu)化 212
      使用try和except來處理錯誤 213
      當(dāng)你實在被困住時 214
      總結(jié) 215
      進一步學(xué)習(xí) 215
      第四部分 多種方法合并
      第14章 選擇和組合工具 219
      你的工具箱 219
      數(shù)據(jù)處理任務(wù)的類別 219
      獲取數(shù)字?jǐn)?shù)據(jù) 219
      重新格式化文本文件 222
      綜合考慮 226
      總結(jié) 226
      進一步學(xué)習(xí) 226
      第15章 關(guān)系型數(shù)據(jù)庫 227
      電子表格和數(shù)據(jù)組織 227
      數(shù)據(jù)管理系統(tǒng) 229
      剖析一個數(shù)據(jù)庫 230
      安裝MySQL 231
      開始使用MySQL和SQL 233
      連接到命令行中的MySQL服務(wù)器 233
      創(chuàng)建數(shù)據(jù)庫和表 235
      向表中添加數(shù)據(jù)行和顯示表的內(nèi)容 239
      在Python中與MySQL進行交互 240
      解析輸入的文本 241
      從數(shù)據(jù)中構(gòu)造SQL 243
      從Python中執(zhí)行SQL命令 244
      將文本文件導(dǎo)入到表格中 249
      創(chuàng)建ctd表 250
      用LOAD DATA命令導(dǎo)入數(shù)據(jù)文件 251
      以SQL文件的形式導(dǎo)出和導(dǎo)入數(shù)據(jù)庫 253
      用SQL探索數(shù)據(jù) 253
      用SELECT和COUNT命令匯總表 253
      用GROUP BY校對數(shù)據(jù) 255
      SQL中的數(shù)學(xué)運算 256
      用WHERE對行進行精確選擇 256
      用UPDATE修改行 259
      跨表選擇數(shù)據(jù) 260
      使用Python 生成輸出 262
      繼續(xù)向前看 264
      數(shù)據(jù)庫用戶和安全性 264
      創(chuàng)建一個root密碼 265
      添加一個新的MySQL用戶 265
      總結(jié) 266
      進一步學(xué)習(xí) 267
      推薦閱讀 267
      第16章 高級的shell和管道命令 268
      其他有用的shell命令 268
      用head和tail提取行 268
      用cut提取列 268
      用sort對行排序 270
      用uniq分離出獨有的行 271

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