生物數(shù)據(jù)分析和生物系統(tǒng)模型中的參數(shù)估計(jì)

前言
第1章 導(dǎo)論 1
1.1 背景 1
1.2 本書的框架 2
第2章 周期性基因鑒定的參數(shù)
估計(jì)方法 6
2.1 引言 6
2.2 方法 8
2.2.1 基因的周期性表達(dá)模型 8
2.2.2 假設(shè)檢驗(yàn) 9
2.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與討論 10
2.4 結(jié)論和展望 13
參考文獻(xiàn) 14
第3章 從微陣列時(shí)間過(guò)程表達(dá)
探測(cè)近似周期性表達(dá)的
基因 15
3.1 引言 15
3.2 方法 17
3.2.1 基因近似周期性的表達(dá)模型 17
3.2.2 假設(shè)檢驗(yàn) 19
3.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與討論 20
3.4 結(jié)論和展望 25
參考文獻(xiàn) 25
第4章 偽周期性基因表達(dá)譜
鑒定 28
4.1 引言 28
4.2 方法 30
4.2.1 偽周期性基因表達(dá)序列的
鑒別模型 30
4.2.2 假設(shè)檢驗(yàn) 32
4.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與討論 33
4.4 結(jié)論和展望 35
參考文獻(xiàn) 36
第5章 基于非線性模型的周期性
表達(dá)基因數(shù)據(jù)的聚類
分析法 38
5.1 背景 38
5.2 方法 40
5.2.1 周期性表達(dá)基因模型 40
5.2.2 基于聚類分析的非線性
模型 42
5.2.3 驗(yàn)證 43
5.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與討論 44
5.4 總結(jié) 48
參考文獻(xiàn) 48
第6章 基于非線性模型的時(shí)間
序列基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析 51
6.1 背景 51
6.2 方法 53
6.2.1 時(shí)間序列基因數(shù)據(jù)的非線性
模型 53
6.2.2 非線性模型的顯著性分析 55
6.2.3 基于非線性模型的聚類分析 56
6.2.4 數(shù)值計(jì)算 57
6.3 基因表達(dá)數(shù)據(jù)在現(xiàn)實(shí)生活中的
應(yīng)用 61
6.4 結(jié)論 62
參考文獻(xiàn) 63
第7章 有約束的交互最小二乘法
對(duì)S系統(tǒng)生物網(wǎng)絡(luò)模型的
參數(shù)估計(jì) 66
7.1 引言 66
7.2 算法描述 68
7.3 數(shù)值算例 70
7.4 結(jié)論 73
參考文獻(xiàn) 73
第8章 線性分式模型中參數(shù)
估計(jì)的迭代最小二乘法 75
8.1 引言 75
8.2 算法描述 76
8.3 說(shuō)明性的例子 79
8.4 結(jié)論 82
參考文獻(xiàn) 82
第9章 一種基于冪律的細(xì)胞
凋亡模型及其參數(shù)估計(jì) 84
9.1 引言 84
9.2 模型與參數(shù)估計(jì) 85
9.3 仿真結(jié)果 89
9.4 結(jié)論和未來(lái)研究方向 91
參考文獻(xiàn) 91
第10章 復(fù)雜度分析與動(dòng)態(tài)代謝
系統(tǒng)的參數(shù)估計(jì) 93
10.1 引言 93
10.2 參數(shù)估計(jì)的模型復(fù)雜性分析 94
10.3 參數(shù)估計(jì)算法 99
10.4 應(yīng)用 102
10.5 結(jié)論和未來(lái)的研究方向 104
參考文獻(xiàn) 104
第11章 基于邏輯和的基因調(diào)控
網(wǎng)絡(luò)中的參數(shù)估計(jì) 107
11.1 引言 107
11.2 基于邏輯和的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 108
11.3 參數(shù)估計(jì)方法 110
11.4 說(shuō)明性的例子 112
11.5 結(jié)論 114
參考文獻(xiàn) 114
第12章 關(guān)于基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的
建模及參數(shù)估計(jì)的研究
現(xiàn)狀及進(jìn)展 117
12.1 研究意義 117
12.2 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀分析 118
12.3 未來(lái)研究的主要問(wèn)題 123
12.4 主要研究?jī)?nèi)容、研究目標(biāo)，以及
擬解決的關(guān)鍵科學(xué)問(wèn)題 124
12.5 擬采取的研究方法、技術(shù)路線、
實(shí)驗(yàn)手段、關(guān)鍵技術(shù)、特色及
創(chuàng)新點(diǎn) 127
參考文獻(xiàn) 129
附錄 132
附錄A 一元線性回歸的分析及最小
二乘估計(jì) 132
附錄B 多元統(tǒng)計(jì)分析中的聚類
分析 135
附錄C 數(shù)據(jù)挖掘中的聚類分析 137
附錄D F分布定義及性質(zhì) 141