質(zhì)粒生物學(xué)

第1章 質(zhì)粒簡介：質(zhì)粒研究史
1.1 遺傳學(xué)時(shí)代
1.2 環(huán)狀質(zhì)粒DNA
1.3 質(zhì)粒作為分子克隆載體：大膽的創(chuàng)新
1.4 質(zhì)粒的自我復(fù)制過程
1.5 質(zhì)粒的遷移性
1.6 質(zhì)粒的穩(wěn)定性
1.7 結(jié)論
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第2章 參與含有重復(fù)子質(zhì)粒復(fù)制的元件
2.1 復(fù)制起始的基本元件
2.2 rep基因的表達(dá)和Rep蛋白的結(jié)構(gòu)
2.3 調(diào)控模型
2.4 非重復(fù)子的Rep結(jié)合、輔助因子和它們的作用
2.5 ori激活的分子機(jī)制
2.6 質(zhì)粒在細(xì)胞內(nèi)的定位
2.7 結(jié)論：質(zhì)粒DNA和在廣范圍環(huán)境中的復(fù)制
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第3章 反義RNA對質(zhì)粒復(fù)制的調(diào)控作用
3.1 反義RNA介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄衰減：inc18和pT181家族
3.2 翻譯水平的抑制
3.3 抑制引物的形成：ColE1復(fù)制子
3.4 抑制假結(jié)的形成：如IncI
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第4章 滾環(huán)復(fù)制
4.1 滾環(huán)復(fù)制質(zhì)粒的結(jié)構(gòu)
4.2 前導(dǎo)鏈復(fù)制的起始與終止
4.3 質(zhì)粒sso在后隨鏈復(fù)制中的作用
4.4 宿主蛋白在質(zhì)粒滾環(huán)復(fù)制中的作用
4.5 展望
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第5章 細(xì)菌質(zhì)粒的分配系統(tǒng)
5.1 普通的分配系統(tǒng)
5.2 質(zhì)粒的細(xì)胞內(nèi)定位
5.3 質(zhì)粒分配系統(tǒng)的類型
5.4 P1和F質(zhì)粒
5.5 RK2質(zhì)粒
5.6 pTAR和TP228質(zhì)粒
5.7 RepABC系統(tǒng)
5.8 R1質(zhì)粒
5.9 其他分配系統(tǒng)
5.10 pSC10
5.11 具有多種分配系統(tǒng)的質(zhì)粒
5.12 高拷貝數(shù)質(zhì)粒
5.13 模型和問題
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第6章 遺傳偏嗜性：基因在基因組中的共生原則
6.1 遺傳偏嗜性的發(fā)現(xiàn)
6.2 遺傳偏嗜性的類型
6.3 基因組學(xué)和遺傳偏嗜性系統(tǒng)的發(fā)展
6.4 細(xì)胞殺死的機(jī)理
6.5 基因表達(dá)的調(diào)節(jié)
6.6 偏嗜性系統(tǒng)之間的相互作用
6.7 為什么會(huì)存在偏嗜性基因？
6.8 基因組與偏嗜性基因協(xié)同進(jìn)化
6.9 其他遺傳過程的推測
6.10 應(yīng)用
6.11 結(jié)論
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第7章 DNA位點(diǎn)特異性分離系統(tǒng)
7.1 一切發(fā)生錯(cuò)誤之時(shí)：DNA多聚體的形成和發(fā)生率
7.2 DNA位點(diǎn)特異性重組：染色體和質(zhì)粒的分離
7.3 絲氨酸重組酶家族的位點(diǎn)特異性分離系統(tǒng)
7.4 酪氨酸重組酶家族的質(zhì)粒和染色體分離系統(tǒng)
7.5 重組機(jī)制詳述
7.6 結(jié)論
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第8章 質(zhì)粒DNA的拓?fù)湫袨?br />8.1 環(huán)狀DNA拓?fù)鋵W(xué)
8.2 DNA拓?fù)涿?br />8.3 動(dòng)力拓?fù)鋵W(xué)平衡
8.4 超螺旋敏感DNA結(jié)構(gòu)
8.5 體內(nèi)限制與非限制的質(zhì)粒拓?fù)鋵W(xué)
8.6 大腸桿菌內(nèi)由蛋白質(zhì)限制的拓?fù)鋵W(xué)
8.7 體內(nèi)限制性和非限制性超螺旋變化
8.8 DNA復(fù)制：可逆的復(fù)制叉、前環(huán)連體和結(jié)
8.9 結(jié)論
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第9章 革蘭陰性菌接合轉(zhuǎn)移
9.1 質(zhì)粒分類
9.2 染色體誘動(dòng)
9.3 革蘭陰性菌中的接合轉(zhuǎn)移概述
9.4 接合轉(zhuǎn)移生理學(xué)
9.5 菌毛的結(jié)構(gòu)和裝配
9.6 菌毛收縮和噬菌體感染
9.7 接合轉(zhuǎn)移孔的結(jié)構(gòu)
9.8 交配配對的形成
9.9 進(jìn)入排斥或表面排斥
9.10 DNA的加工和轉(zhuǎn)運(yùn)
9.11 啟動(dòng)轉(zhuǎn)移的“信號(hào)”的本質(zhì)
9.12 可誘動(dòng)質(zhì)粒
9.13 受體細(xì)胞中質(zhì)粒的建立
9.14 轉(zhuǎn)移基因表達(dá)的調(diào)控
9.15 F轉(zhuǎn)移基因的調(diào)控
9.16 RP4轉(zhuǎn)移區(qū)的調(diào)節(jié)
9.17 結(jié)論
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第10章 革蘭陽性菌的接合
10.1 不同種屬的質(zhì)粒系統(tǒng)
10.2 接合型轉(zhuǎn)座子
10.3 轉(zhuǎn)移起點(diǎn)和松弛酶
10.4 結(jié)論
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第11章 泛宿主性質(zhì)粒在革蘭陰性桿菌中的復(fù)制策略
11.1 復(fù)制體的組裝
11.2 Rep蛋白和復(fù)制起始序列的通用性特征：IncP質(zhì)粒家族
11.3 宿主范圍受控于裝配復(fù)制體所需要的編碼蛋白：IncQ家族
11.4 自然發(fā)生的多復(fù)制子質(zhì)粒
11.5 泛宿主性質(zhì)粒的其他特征
11.6 通過對窄宿主性復(fù)制子的研究分析宿主范圍決定子
11.7 結(jié)論
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第12章 根瘤菌科細(xì)菌的共生質(zhì)粒
12.1 引言：結(jié)瘤和固氮
12.2 質(zhì)粒和島：根瘤菌科細(xì)菌共生基因的定位
12.3 共生質(zhì)?；蚪M成概況
12.4 pSym質(zhì)粒的復(fù)制和分配特征
12.5 接合轉(zhuǎn)移
12.6 pSym的動(dòng)力學(xué)及其進(jìn)化
12.7 展望
12.8 補(bǔ)遺
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第13章 細(xì)菌中的線性質(zhì)粒：相同的起源，不同的命運(yùn)
13.1 線性質(zhì)粒和染色體的系統(tǒng)發(fā)生學(xué)分布
13.2 線性質(zhì)粒的組成
13.3 細(xì)菌中線性質(zhì)粒的結(jié)構(gòu)
13.4 線性質(zhì)粒的復(fù)制
13.5 線性質(zhì)粒的分離系統(tǒng)
13.6 展望
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第14章 釀酒酵母的2靘質(zhì)粒
14.1 自身攜帶和作為一般實(shí)驗(yàn)工具的酵母質(zhì)粒
14.2 酵母質(zhì)粒的高拷貝數(shù)和穩(wěn)定遺傳
14.3 質(zhì)粒分配系統(tǒng)的分析
14.4 2靘質(zhì)粒分離模型
14.5 2靘質(zhì)粒的拷貝數(shù)控制
14.6 Flp重組機(jī)制
14.7 Flp的應(yīng)用
14.8 2靘質(zhì)粒分子自私性的環(huán)狀設(shè)計(jì)：進(jìn)化考慮
14.9 2靘質(zhì)粒與衰老、壽命和程序化細(xì)胞死亡的關(guān)系
14.10 展望與前景
14.11 結(jié)論
14.12 補(bǔ)遺
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第15章 哺乳動(dòng)物細(xì)胞內(nèi)的病毒性質(zhì)粒
15.1 EB病毒
15.2 乳頭瘤病毒
15.3 結(jié)論
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第16章 降解質(zhì)粒
16.1 TOL質(zhì)粒
16.2 編碼途徑與TOL相關(guān)的質(zhì)粒
16.3 攜帶氯苯鄰二酚ortho裂解途徑基因的質(zhì)粒
16.4 洋蔥伯克霍爾德菌AC1100的復(fù)制子
16.5 攜帶外周途徑基因質(zhì)粒的特征
16.6 降解質(zhì)粒的進(jìn)化
16.7 結(jié)論
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第17章 古細(xì)菌質(zhì)粒
17.1 質(zhì)粒分類
17.2 復(fù)制、分配和維持的機(jī)理
17.3 細(xì)胞內(nèi)擴(kuò)散機(jī)理
17.4 染色體整合
17.5 基于質(zhì)粒的載體系統(tǒng)
17.6 結(jié)論
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第18章 毒力質(zhì)粒的基因組規(guī)模分析：質(zhì)粒上的毒力基因?qū)τ谀c細(xì)菌致病性的作用
18.1 腸桿菌質(zhì)粒的一般特性
18.2 大質(zhì)粒的序列分析
18.3 質(zhì)粒的維持功能：復(fù)制、分配和分離后殺死
18.4 質(zhì)粒編碼的毒力基因
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第19章 芽孢形成菌的毒性質(zhì)粒
19.1 破傷風(fēng)梭狀芽孢桿菌和肉毒梭狀芽孢桿菌的神經(jīng)毒素質(zhì)粒
19.2 產(chǎn)氣莢膜梭狀芽孢桿菌的毒素質(zhì)粒
19.3 炭疽桿菌的毒素和莢膜質(zhì)粒
19.4 蘇云金芽孢桿菌的殺蟲毒素質(zhì)粒
19.5 結(jié)論
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第20章 耶爾森菌的毒力質(zhì)粒：特性和比較
20.1 耶爾森菌的質(zhì)粒和毒力
20.2 LCR質(zhì)粒
20.3 鼠毒素質(zhì)粒
20.4 鼠疫菌素質(zhì)粒
20.5 抗性轉(zhuǎn)移因子
20.6 pYC隱蔽型質(zhì)粒
20.7 結(jié)論
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第21 章 不產(chǎn)芽孢的革蘭陽性病原菌的毒力質(zhì)粒
21.1 金黃色葡萄球菌的毒力質(zhì)粒
21.2 糞腸球菌的毒力質(zhì)粒
21.3 紅球菌的毒力質(zhì)粒
21.4 結(jié)論
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第22章 根瘤農(nóng)桿菌Ti質(zhì)粒
22.1 Ti質(zhì)粒的序列
22.2 轉(zhuǎn)移DNA
22.3 vir區(qū)域
22.4 VirAVirG雙組分調(diào)控系統(tǒng)
22.5 界間轉(zhuǎn)位過程中效應(yīng)分子的加工
22.6 VirB/VirD4Ⅳ型分泌系統(tǒng)
22.7 底物轉(zhuǎn)移和菌毛合成的中心結(jié)構(gòu)
22.8 Ti質(zhì)粒的接合
22.9 冠癭堿的攝取及代謝
22.10 自誘導(dǎo)/細(xì)胞密度感應(yīng)
22.11 Ti質(zhì)粒的復(fù)制
22.12 Ti質(zhì)粒及染色體功能的協(xié)同進(jìn)化
22.13 展望
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第23章 抗藥性質(zhì)粒
23.1 質(zhì)粒分類
23.2 質(zhì)粒介導(dǎo)的抗藥性機(jī)制
23.3 細(xì)菌病原體中抗生素抗性基因的進(jìn)化和擴(kuò)散
23.4 抗性質(zhì)粒的全序列測定
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第24章 pJM1和pColVK30：含細(xì)菌毒力必需的鐵攝取基因的質(zhì)粒
24.1 鰻弧菌的pJM1系統(tǒng)
24.2 質(zhì)粒介導(dǎo)的離子攝取系統(tǒng)的表達(dá)調(diào)控
24.3 pColVK30質(zhì)粒介導(dǎo)的鐵攝取系統(tǒng)
24.4 氣桿菌素系統(tǒng)的分子流行病學(xué)
24.5 結(jié)論
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第25章 細(xì)菌質(zhì)粒的進(jìn)化和群體遺傳學(xué)
25.1 作為完全自私元件的質(zhì)粒
25.2 質(zhì)粒給予宿主菌的好處
25.3 復(fù)雜和變化的群體有利于質(zhì)粒的存在
25.4 產(chǎn)生多樣性的重組過程
25.5 細(xì)胞內(nèi)競爭
25.6 結(jié)論
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第26章 細(xì)菌的第二染色體和巨質(zhì)粒
26.1 原核生物染色體
26.2 第二染色體、巨質(zhì)粒和大質(zhì)粒
26.3 巨質(zhì)粒和大質(zhì)粒
26.4 第二染色體和巨質(zhì)粒的本質(zhì)
26.5 代表性種屬的第二復(fù)制子
26.6 結(jié)論
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第27章 基因克隆與表達(dá)的質(zhì)粒載體
27.1 基因克隆載體
27.2 表達(dá)載體系統(tǒng)
27.3 基因表達(dá)載體元件
27.4 由質(zhì)粒遞送的基因的表達(dá)
27.5 結(jié)論與發(fā)展趨勢
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第28章 質(zhì)粒是研究細(xì)菌基因功能的遺傳學(xué)工具
28.1 質(zhì)粒是構(gòu)建突變體的工具
28.2 質(zhì)粒用于更多的反選擇策略
28.3 質(zhì)粒系統(tǒng)用于捕捉啟動(dòng)子
28.4 質(zhì)粒是一種遞送工具
28.5 質(zhì)粒用于各種遺傳學(xué)操作
28.6 質(zhì)粒是基因組和亞基因組工程的工具
28.7 質(zhì)粒用于體內(nèi)克隆和修飾系統(tǒng)
28.8 質(zhì)粒載體用于染色體整合
28.9 質(zhì)粒重排用于基因功能分析
28.10 質(zhì)粒在無抗性壓力下的維持
28.11 質(zhì)粒是真核生物和病毒研究的工具
28.12 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
第29章 質(zhì)粒可以作為抑制工具
29.1 主動(dòng)抑制：基本原理及報(bào)告元件
29.2 針對生物降解細(xì)菌的抑制策略
29.3 增強(qiáng)抑制的策略
29.4 主動(dòng)抑制系統(tǒng)可作為應(yīng)用和基礎(chǔ)研究的工具
29.5 結(jié)論與展望
參考文獻(xiàn)
索引